tbjournalТуберкулез и социально значимые заболеванияTuberculosis and socially significant diseases2413-03462413-0354ООО «Ин-Трендtbjournal-197Research ArticleЭПИДЕМИОЛОГИЯ ТУБЕРКУЛЁЗА: МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫФилогенетический анализ клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis с использованием 35 вариабельных тандемных повторов и шести однонуклеотидных полиморфизмовPHYLOGENETIC ANALYSIS OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS CLINICAL ISOLATES USING 35 VARIABILITY TANDEM REPEATS AND SIX SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMSБогунА. Г.BogunA. G.

Богун Александр Геннадьевич – заведующий отделом ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора

142279, Московская обл., Серпуховский р-н, п. ОболенскТел.: +7 (496) 736-00-00

bogun62@mail.ruБлагодатскихС. А.BlagodatskikhS. A.

Благодатских Станислав Александрович – младший научный сотрудник отдела ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора

142279, Московская обл., Серпуховский р-н, п. ОболенскТел.: +7  (496) 736-00-00

merry-st@mail.ruМухинаТ. Н.MukhinaT. N.

Мухина Татьяна Николаевна – научный сотрудник отдела ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора

142279, Московская обл., Серпуховский р-н, п. ОболенскТел.: +7  (496) 736-00-00

Cecile98@rambler.ruМайскаяН. В.MaiskayaN. V.

Майская Надежда Васильевна – научный сотрудник отдела ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора

142279, Московская обл., Серпуховский р-н, п. ОболенскТел.: +7  (496) 736-00-00

myskaya_NN@mail.ruШемякинИ. Г.ShemyakinI. G.ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» РоспотребнадзораRussian FederationФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, г. ОболенскRussian Federation20132201202502511Copyright © Богун А.Г., Благодатских С.А., Мухина Т.Н., Майская Н.В., Шемякин И.Г., 20252025Богун А.Г., Благодатских С.А., Мухина Т.Н., Майская Н.В., Шемякин И.Г.Bogun A.G., Blagodatskikh S.A., Mukhina T.N., Maiskaya N.V., Shemyakin I.G.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.tb-journal.ru/jour/article/view/197

Клинические изоляты M. tuberculosis (n 330) исследованы методами MIRU-VNTR, основанном на анализе 35 локусов, и анализе точечных мутаций. Показано, что каждая ветвь дендрограммы молекулярно-генетического родства клинических изолятов M. tuberculosis содержит изоляты, относящиеся только к одной кластерной группе, определённой на основании анализа точечных мутаций. Все изоляты M. tuberculosis, относящиеся к сполигосемейству Beijing, входят в состав одной ветви дендрограммы. Изоляты из других сполигосемейств в данной группе отсутствуют. Изоляты, принадлежащие к сполигосемейству LAM, входят в состав одной ветви дендрограммы, в которую входят также изоляты, принадлежащие к сполигосемействам T и S. Изоляты, принадлежащие к сполигосемействам T и Haarlem, входят в состав нескольких ветвей дендрограммы, причем изоляты из сполигосемейства Т принадлежат к трём SNP группам, в то время как изоляты Haarlem принадлежат только к одной группе, идентифицированным на основании анализа точечных мутаций.

Clinical isolates of M. tuberculosis (n 330) were studied using MIRUVNTR methods, based on the analysis of 35 loci and analysis of point mutations. It is shown that each branch of the dendrogram of the molecular genetic relatedness of M. tuberculosis clinical isolatescontains isolates relating to the only one cluster group, defined by the point mutations analysis. All isolates of M. tuberculosis, relating to Beijing spoligofamily are in the same branch of the dendrogram. Isolates from the other spoligofamilies are missing in the group.Isolates, belonging to LAM spoligofamily, are in the same branch of the dendrogram, which also includes isolates, belonging to T and S spoligofamilies. Isolates from T and Haarlem spoligo families comprise into several branches of the dendrogram, and T spoligofamily isolates belong to three SNP groups, while Haarlem isolates belong to the only one group, identified on the basis of point mutations analysis.

туберкулезфилогенетический анализSNP-типированиеметод MIRU-VNTRtuberculosisphylogenetic analysisSNP-typingMIRUVNTR methodReferencesИбраева А.Р., Ахметова А.Ж., Кожамкулов У.А. и др. Генотипирование и определение лекарственной устойчивости клинических изолятов M. tuberculosis из различных областей Казахстана на основе ДНК-секвенирования и MIRU-VNTR анализа // Биотехнология. Теория и практика. – 2012. – № 2. – С.71-77.Ибраева А.Р., Ахметова А.Ж., Кожамкулов У.А. и др. Генотипирование и определение лекарственной устойчивости клинических изолятов M. tuberculosis из различных областей Казахстана на основе ДНК-секвенирования и MIRU-VNTR анализа // Биотехнология. Теория и практика. – 2012. – № 2. – С.71-77.Alonso-Rodriguez N., Martinez-Lirola M., Sanchez M.L. et al. Prospective universal application of mycobacterial interspersed repetitive-unitvariable-number tandem-repeat genotyping to characterize Mycobacterium tuberculosis isolates for fast identification of clustered and orphan cases // J. Clin. Microbiol. – 2009. – Vol. 47. – No. 7. – P. 2026-2032.Alonso-Rodriguez N., Martinez-Lirola M., Sanchez M.L. et al. Prospective universal application of mycobacterial interspersed repetitive-unitvariable-number tandem-repeat genotyping to characterize Mycobacterium tuberculosis isolates for fast identification of clustered and orphan cases // J. Clin. Microbiol. – 2009. – Vol. 47. – No. 7. – P. 2026-2032.Brudey K., Driscoll J.R., Rigouts L. et al. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology // BMCMicrobiol. – 2006. – 6. – 23.Brudey K., Driscoll J.R., Rigouts L. et al. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology // BMCMicrobiol. – 2006. – 6. – 23.Comas I., Homolka S., Niemann S., Gagneux S. Genotyping of genetically monomorphic bacteria: DNA sequencing in Mycobacterium tuberculosis highlights the limitations of current methodologies // PLoS One. – 2009. – Vol. 4. – e7815.Comas I., Homolka S., Niemann S., Gagneux S. Genotyping of genetically monomorphic bacteria: DNA sequencing in Mycobacterium tuberculosis highlights the limitations of current methodologies // PLoS One. – 2009. – Vol. 4. – e7815.Dos Vultos T., Mestre O., Rauzier J. et al. Evolution and diversity of clonal bacteria: the paradigm of Mycobacterium tuberculosis //PLoS One. – 2008. – Vol. 3. – e1538.Dos Vultos T., Mestre O., Rauzier J. et al. Evolution and diversity of clonal bacteria: the paradigm of Mycobacterium tuberculosis //PLoS One. – 2008. – Vol. 3. – e1538.Dubiley S., Kirillov E., Ignatova A., Sepanshina V., Shemyakin I. Molecular characteristics of M. tuberculosis LAM-RUS family prevalent in Central Russia // J. Clin. Microbiol. – 2007. – Vol. 45. – No. 12. – P. 4036-4038.Dubiley S., Kirillov E., Ignatova A., Sepanshina V., Shemyakin I. Molecular characteristics of M. tuberculosis LAM-RUS family prevalent in Central Russia // J. Clin. Microbiol. – 2007. – Vol. 45. – No. 12. – P. 4036-4038.Filliol I., Motiwala A.S., Cavatore M. et al. Global phylogeny of Mycobacterium tuberculosis based on single nucleotide polymorphism (SNP) analysis: insights into tuberculosis evolution, phylogenetic accuracy of other DNA fingerprinting systems, and recommendations for a minimal standard SNP set // J.Bacteriol. – 2006. – Vol. 188. – P. 759-772.Filliol I., Motiwala A.S., Cavatore M. et al. Global phylogeny of Mycobacterium tuberculosis based on single nucleotide polymorphism (SNP) analysis: insights into tuberculosis evolution, phylogenetic accuracy of other DNA fingerprinting systems, and recommendations for a minimal standard SNP set // J.Bacteriol. – 2006. – Vol. 188. – P. 759-772.Fitzgibbon M.M., Gibbons N., Roycroft E. et al. A snapshot of genetic lineages of Mycobacterium tuberculosis in Ireland over a two-year period, 2010 and 2011 // Eurosurveillance. – 2013. – Vol. 18. – No. 3. – P. 1-7.Fitzgibbon M.M., Gibbons N., Roycroft E. et al. A snapshot of genetic lineages of Mycobacterium tuberculosis in Ireland over a two-year period, 2010 and 2011 // Eurosurveillance. – 2013. – Vol. 18. – No. 3. – P. 1-7.Gagneux S., Small P.M. Global phylogeography of Mycobacterium tuberculosis and implications for tuberculosis product development // Lancet Infect. Dis. – 2007. –Vol. 7. – P. 328-337.Gagneux S., Small P.M. Global phylogeography of Mycobacterium tuberculosis and implications for tuberculosis product development // Lancet Infect. Dis. – 2007. –Vol. 7. – P. 328-337.Global tuberculosis report 2012. – WHO/HTM/TB/2012.6. – Geneva. – 2012.Global tuberculosis report 2012. – WHO/HTM/TB/2012.6. – Geneva. – 2012.Hanekom M., van der Spuy G.D., Gey van Pittius N.C. et al. Discordance between mycobacterial interspersed repetitive-unitvariable-number tandemrepeat typing and IS6110 restriction fragment length polymorphism genotyping for analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing strains in a setting of high incidence of tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – No. 10. – P. 3338-3345.Hanekom M., van der Spuy G.D., Gey van Pittius N.C. et al. Discordance between mycobacterial interspersed repetitive-unitvariable-number tandemrepeat typing and IS6110 restriction fragment length polymorphism genotyping for analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing strains in a setting of high incidence of tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – No. 10. – P. 3338-3345.Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity // J. Clin. Microbiol. – 1988. – Vol. 26. – No. 11 – P. 2465-2466.Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity // J. Clin. Microbiol. – 1988. – Vol. 26. – No. 11 – P. 2465-2466.Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. – 1997. – Vol. 35. – No. 4. – P. 907-914.Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. – 1997. – Vol. 35. – No. 4. – P. 907-914.Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A. et al. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in Russia: in search of informative variable-number tandemrepeat loci // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – No. 11. – 3576-3584.Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A. et al. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in Russia: in search of informative variable-number tandemrepeat loci // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – No. 11. – 3576-3584.Sebban M., Mokrousov I., Rastogi N., Sola C. A data-mining approach to spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis // Bioinformatics. – 2002. – Vol. 18. – No. 2 – P. 235-243.Sebban M., Mokrousov I., Rastogi N., Sola C. A data-mining approach to spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis // Bioinformatics. – 2002. – Vol. 18. – No. 2 – P. 235-243.Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized Mycobacterial Interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. – No. 12. – P. 4498-4510.Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized Mycobacterial Interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. – No. 12. – P. 4498-4510.Velji P., Nikolayevskyy V., Brown T., Drobniewski F. Discriminatory ability of hypervariable variable number tandem repeat loci in population-based analysis of Mycobacterium tuberculosis strains // Emerg. Infect. Dis. – 2009. – Vol. 15. – No. 10. – P. 1609-1616.Velji P., Nikolayevskyy V., Brown T., Drobniewski F. Discriminatory ability of hypervariable variable number tandem repeat loci in population-based analysis of Mycobacterium tuberculosis strains // Emerg. Infect. Dis. – 2009. – Vol. 15. – No. 10. – P. 1609-1616.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.