tbjournalТуберкулез и социально значимые заболеванияTuberculosis and socially significant diseases2413-03462413-0354ООО «Ин-Трендtbjournal-198Research ArticleЭПИДЕМИОЛОГИЯ ТУБЕРКУЛЁЗА: МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ПОДХОДЫГенотипирование уральских изолятов Mycobacterium tuberculosisGenotyping of isolates Mycobacterium tuberculosis from UralУмпелеваТ. В.UmpelevaT. V.

Умпелева Татьяна Валерьевна – младший научный сотрудник лаборатории экспериментальных и диагностических методов исследования ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург

620039, г. Екатеринбург ул. 22-го Партсъезда, д. 50Тел.: +7 (343) 333-44-66

tumpeleva@ya.ruВязоваяА. А.VyazovayaA. A.

Вязовая Анна Александровна – старший научный сотрудник лаборатории молекулярной микробиологии ФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Роспотребнадзора, г. Санкт-Петербург, кандидат биологических наук

г. Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14Тел.: +7 (812) 325-27-10

КравченкоМ. А.KravchenkoM. A.

Кравченко Марионелла Анатольевна – заведующая лабораторией экспериментальных и диагностических методов исследования ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург, кандидат биологических наук

620039, г. Екатеринбург ул. 22-го Партсъезда, д. 50Тел.: +7 (343) 333-44-63

ЕремееваН. И.EremeevaN. I.

Еремеева Наталья Ивановна – старший научный сотрудник лаборатории экспериментальных и диагностических методов исследования ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург, кандидат биологических наук

620039, г. Екатеринбург ул. 22-го Партсъезда, д. 50Тел.: +7 (343) 333-44-63

НарвскаяО. В.NarvskayaO. V.

Нарвская Ольга Викторовна – заведующий лабораторией молекулярной микробиологии ФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Роспотребнадзора, г. Санкт-Петербург, доктор медицинских наук, профессор

г. Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14Тел.: +7 (812) 325-27-10

ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. ЕкатеринбургRussian FederationФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Роспотребнадзора, г. Санкт-ПетербургRussian Federation201322012025021215Copyright © Умпелева Т.В., Вязовая А.А., Кравченко М.А., Еремеева Н.И., Нарвская О.В., 20252025Умпелева Т.В., Вязовая А.А., Кравченко М.А., Еремеева Н.И., Нарвская О.В.Umpeleva T.V., Vyazovaya A.A., Kravchenko M.A., Eremeeva N.I., Narvskaya O.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.tb-journal.ru/jour/article/view/198

Предложена схема генотипирования возбудителя туберкулеза в Уральском Федеральном округе, согласно которой, на первом этапе, с использованием ПЦР в режиме реального времени, осуществляется дифференциация изолятов M. tuberculosis на группы Beijing/non-Beijing. Последующее MIRUVNTR-типирование изолятов генотипа Beijing проводится c использованием 9 локусов (MIRU26, QUB26, Mtub21, Qub11b, MIRU31, MIRU40 VNTR4120, VNTR3820, VNTR3232), изолятов других генотипов (non-Beijing) – 15 локусов (Mtub04, ETRC, MIRU04, MIRU40, MIRU10, MIRU16, Mtub21, QUB11b, ETRA, Mtub30, MIRU26, MIRU31, Mtub39, QUB26, QUB4156) и/или сполиготипирования.

According to suggested scheme genotyping of M. tuberculosis in Ural region of Russia is based on 2-step assay: the real-time PCR for differentiation of Beijing/non-Beijing isolates and further discrimination by MIRU-VNTR-typing using a set of 9 loci (MIRU26, QUB26, Mtub21, Qub11b, MIRU31, MIRU40 VNTR4120, VNTR3820, VNTR3232) for Beijing isolates, and 15 loci (Mtub04, ETRC, MIRU04, MIRU40, MIRU10, MIRU16, Mtub21, QUB11b, ETRA, Mtub30, MIRU26, MIRU31, Mtub39, QUB26, QUB4156) and/or spoligotyping for non-Beijing isolates.

Mycobacterium tuberculosisгенотипированиеMIRU-VNTRсполиготипированиеBeijingnon-Beijing.Mycobacterium tuberculosisgenotypingMIRU-VNTRspoligotypingBeijingnon-Beijing.ReferencesCowan L.S., Diem L., Monson T. et al. Evaluation of a two-step approach for large-scale, prospective genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in the United States // J. Clin. Microbiol.– 2005. – Vol. 43. – P. 688–695.Cowan L.S., Diem L., Monson T. et al. Evaluation of a two-step approach for large-scale, prospective genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in the United States // J. Clin. Microbiol.– 2005. – Vol. 43. – P. 688–695.Iwamoto T., Yoshida S., Suzuki K. et al. Hypervariable loci that enhance the discriminatory ability of newly proposed 15-loci and 24-loci variable-number tandem repeat typing method on Mycobacterium tuberculosis strains predominated by the Beijing family // FEMS Microbiol. Lett. – 2007. – Vol. 272. – P. 282–283.Iwamoto T., Yoshida S., Suzuki K. et al. Hypervariable loci that enhance the discriminatory ability of newly proposed 15-loci and 24-loci variable-number tandem repeat typing method on Mycobacterium tuberculosis strains predominated by the Beijing family // FEMS Microbiol. Lett. – 2007. – Vol. 272. – P. 282–283.Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. – 1997. – Vol. 35. – P. 907–914.Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. – 1997. – Vol. 35. – P. 907–914.Kremer K., van Soolingen D., Frothingham R. et al. Comparison of methods based on different molecular epidemiological markers for typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains: interlaboratory study of discriminatory power and reproducibility // J. Clin. Microbiol. – 1999. – Vol. 37. – P. 2607–2618.Kremer K., van Soolingen D., Frothingham R. et al. Comparison of methods based on different molecular epidemiological markers for typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains: interlaboratory study of discriminatory power and reproducibility // J. Clin. Microbiol. – 1999. – Vol. 37. – P. 2607–2618.Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A., Millet J., Otten T., Vishnevsky B., Rastogi N. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in Russia: in search of informative VNTR loci // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – P. 3576–3584.Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A., Millet J., Otten T., Vishnevsky B., Rastogi N. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in Russia: in search of informative VNTR loci // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – P. 3576–3584.Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized Mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. – P. 4498-4510.Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized Mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. – P. 4498-4510.Van Embden J., Cave M., Crawford J. et al. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J. Clin. Microbiol. – 1993. – Vol. 31. – P. 406-409.Van Embden J., Cave M., Crawford J. et al. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J. Clin. Microbiol. – 1993. – Vol. 31. – P. 406-409.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.