Генотипирование уральских изолятов Mycobacterium tuberculosis
Аннотация
Предложена схема генотипирования возбудителя туберкулеза в Уральском Федеральном округе, согласно которой, на первом этапе, с использованием ПЦР в режиме реального времени, осуществляется дифференциация изолятов M. tuberculosis на группы Beijing/non-Beijing. Последующее MIRUVNTR-типирование изолятов генотипа Beijing проводится c использованием 9 локусов (MIRU26, QUB26, Mtub21, Qub11b, MIRU31, MIRU40 VNTR4120, VNTR3820, VNTR3232), изолятов других генотипов (non-Beijing) – 15 локусов (Mtub04, ETRC, MIRU04, MIRU40, MIRU10, MIRU16, Mtub21, QUB11b, ETRA, Mtub30, MIRU26, MIRU31, Mtub39, QUB26, QUB4156) и/или сполиготипирования.
Ключевые слова
Об авторах
Т. В. Умпелева
ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург
Россия
Россия
Умпелева Татьяна Валерьевна – младший научный сотрудник лаборатории экспериментальных и диагностических методов исследования ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург
620039, г. Екатеринбург ул. 22-го Партсъезда, д. 50
Тел.: +7 (343) 333-44-66
А. А. Вязовая
ФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Роспотребнадзора, г. Санкт-Петербург
Россия
Россия
Вязовая Анна Александровна – старший научный сотрудник лаборатории молекулярной микробиологии ФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Роспотребнадзора, г. Санкт-Петербург, кандидат биологических наук
г. Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14
Тел.: +7 (812) 325-27-10
М. А. Кравченко
ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург
Россия
Россия
Кравченко Марионелла Анатольевна – заведующая лабораторией экспериментальных и диагностических методов исследования ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург, кандидат биологических наук
620039, г. Екатеринбург ул. 22-го Партсъезда, д. 50
Тел.: +7 (343) 333-44-63
Н. И. Еремеева
ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург
Россия
Россия
Еремеева Наталья Ивановна – старший научный сотрудник лаборатории экспериментальных и диагностических методов исследования ФГБУ «Уральский НИИ фтизиопульмонологии» Минздрава России, г. Екатеринбург, кандидат биологических наук
620039, г. Екатеринбург ул. 22-го Партсъезда, д. 50
Тел.: +7 (343) 333-44-63
О. В. Нарвская
ФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Роспотребнадзора, г. Санкт-Петербург
Россия
Россия
Нарвская Ольга Викторовна – заведующий лабораторией молекулярной микробиологии ФБУН «НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера» Роспотребнадзора, г. Санкт-Петербург, доктор медицинских наук, профессор
г. Санкт-Петербург, ул. Мира, д. 14
Тел.: +7 (812) 325-27-10
Список литературы
1. Cowan L.S., Diem L., Monson T. et al. Evaluation of a two-step approach for large-scale, prospective genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in the United States // J. Clin. Microbiol.– 2005. – Vol. 43. – P. 688–695.
2. Iwamoto T., Yoshida S., Suzuki K. et al. Hypervariable loci that enhance the discriminatory ability of newly proposed 15-loci and 24-loci variable-number tandem repeat typing method on Mycobacterium tuberculosis strains predominated by the Beijing family // FEMS Microbiol. Lett. – 2007. – Vol. 272. – P. 282–283.
3. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. – 1997. – Vol. 35. – P. 907–914.
4. Kremer K., van Soolingen D., Frothingham R. et al. Comparison of methods based on different molecular epidemiological markers for typing of Mycobacterium tuberculosis complex strains: interlaboratory study of discriminatory power and reproducibility // J. Clin. Microbiol. – 1999. – Vol. 37. – P. 2607–2618.
5. Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A., Millet J., Otten T., Vishnevsky B., Rastogi N. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in Russia: in search of informative VNTR loci // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – P. 3576–3584.
6. Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized Mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. – P. 4498-4510.
7. Van Embden J., Cave M., Crawford J. et al. Strain identification on Mycobacterium tuberculosis by DNA fingerprinting: recommendations for a standardized methodology // J. Clin. Microbiol. – 1993. – Vol. 31. – P. 406-409.
Рецензия
Для цитирования:
Умпелева Т.В., Вязовая А.А., Кравченко М.А., Еремеева Н.И., Нарвская О.В. Генотипирование уральских изолятов Mycobacterium tuberculosis. Туберкулез и социально значимые заболевания. 2013;(2):12-15.
For citation:
Umpeleva T.V., Vyazovaya A.A., Kravchenko M.A., Eremeeva N.I., Narvskaya O.V. Genotyping of isolates Mycobacterium tuberculosis from Ural. Tuberculosis and socially significant diseases. 2013;(2):12-15. (In Russ.)
Просмотров:
14
Послать статью по эл. почте 