Филогенетический анализ клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis с использованием 35 вариабельных тандемных повторов и шести однонуклеотидных полиморфизмов
Аннотация
Клинические изоляты M. tuberculosis (n 330) исследованы методами MIRU-VNTR, основанном на анализе 35 локусов, и анализе точечных мутаций. Показано, что каждая ветвь дендрограммы молекулярно-генетического родства клинических изолятов M. tuberculosis содержит изоляты, относящиеся только к одной кластерной группе, определённой на основании анализа точечных мутаций. Все изоляты M. tuberculosis, относящиеся к сполигосемейству Beijing, входят в состав одной ветви дендрограммы. Изоляты из других сполигосемейств в данной группе отсутствуют. Изоляты, принадлежащие к сполигосемейству LAM, входят в состав одной ветви дендрограммы, в которую входят также изоляты, принадлежащие к сполигосемействам T и S. Изоляты, принадлежащие к сполигосемействам T и Haarlem, входят в состав нескольких ветвей дендрограммы, причем изоляты из сполигосемейства Т принадлежат к трём SNP группам, в то время как изоляты Haarlem принадлежат только к одной группе, идентифицированным на основании анализа точечных мутаций.
Об авторах
А. Г. Богун
ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Богун Александр Геннадьевич – заведующий отделом ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора
142279, Московская обл., Серпуховский р-н, п. Оболенск
Тел.: +7 (496) 736-00-00
С. А. Благодатских
ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Благодатских Станислав Александрович – младший научный сотрудник отдела ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора
142279, Московская обл., Серпуховский р-н, п. Оболенск
Тел.: +7 (496) 736-00-00
Т. Н. Мухина
ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Мухина Татьяна Николаевна – научный сотрудник отдела ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора
142279, Московская обл., Серпуховский р-н, п. Оболенск
Тел.: +7 (496) 736-00-00
Н. В. Майская
ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора
Россия
Россия
Майская Надежда Васильевна – научный сотрудник отдела ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора
142279, Московская обл., Серпуховский р-н, п. Оболенск
Тел.: +7 (496) 736-00-00
И. Г. Шемякин
ФБУН «Государственный научный центр прикладной микробиологии и биотехнологии» Роспотребнадзора, г. Оболенск
Россия
Россия
Список литературы
1. Ибраева А.Р., Ахметова А.Ж., Кожамкулов У.А. и др. Генотипирование и определение лекарственной устойчивости клинических изолятов M. tuberculosis из различных областей Казахстана на основе ДНК-секвенирования и MIRU-VNTR анализа // Биотехнология. Теория и практика. – 2012. – № 2. – С.71-77.
2. Alonso-Rodriguez N., Martinez-Lirola M., Sanchez M.L. et al. Prospective universal application of mycobacterial interspersed repetitive-unitvariable-number tandem-repeat genotyping to characterize Mycobacterium tuberculosis isolates for fast identification of clustered and orphan cases // J. Clin. Microbiol. – 2009. – Vol. 47. – No. 7. – P. 2026-2032.
3. Brudey K., Driscoll J.R., Rigouts L. et al. Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology // BMCMicrobiol. – 2006. – 6. – 23.
4. Comas I., Homolka S., Niemann S., Gagneux S. Genotyping of genetically monomorphic bacteria: DNA sequencing in Mycobacterium tuberculosis highlights the limitations of current methodologies // PLoS One. – 2009. – Vol. 4. – e7815.
5. Dos Vultos T., Mestre O., Rauzier J. et al. Evolution and diversity of clonal bacteria: the paradigm of Mycobacterium tuberculosis //PLoS One. – 2008. – Vol. 3. – e1538.
6. Dubiley S., Kirillov E., Ignatova A., Sepanshina V., Shemyakin I. Molecular characteristics of M. tuberculosis LAM-RUS family prevalent in Central Russia // J. Clin. Microbiol. – 2007. – Vol. 45. – No. 12. – P. 4036-4038.
7. Filliol I., Motiwala A.S., Cavatore M. et al. Global phylogeny of Mycobacterium tuberculosis based on single nucleotide polymorphism (SNP) analysis: insights into tuberculosis evolution, phylogenetic accuracy of other DNA fingerprinting systems, and recommendations for a minimal standard SNP set // J.Bacteriol. – 2006. – Vol. 188. – P. 759-772.
8. Fitzgibbon M.M., Gibbons N., Roycroft E. et al. A snapshot of genetic lineages of Mycobacterium tuberculosis in Ireland over a two-year period, 2010 and 2011 // Eurosurveillance. – 2013. – Vol. 18. – No. 3. – P. 1-7.
9. Gagneux S., Small P.M. Global phylogeography of Mycobacterium tuberculosis and implications for tuberculosis product development // Lancet Infect. Dis. – 2007. –Vol. 7. – P. 328-337.
10. Global tuberculosis report 2012. – WHO/HTM/TB/2012.6. – Geneva. – 2012.
11. Hanekom M., van der Spuy G.D., Gey van Pittius N.C. et al. Discordance between mycobacterial interspersed repetitive-unitvariable-number tandemrepeat typing and IS6110 restriction fragment length polymorphism genotyping for analysis of Mycobacterium tuberculosis Beijing strains in a setting of high incidence of tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – No. 10. – P. 3338-3345.
12. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity // J. Clin. Microbiol. – 1988. – Vol. 26. – No. 11 – P. 2465-2466.
13. Kamerbeek J., Schouls L., Kolk A. et al. Simultaneous detection and strain differentiation of Mycobacterium tuberculosis for diagnosis and epidemiology // J. Clin. Microbiol. – 1997. – Vol. 35. – No. 4. – P. 907-914.
14. Mokrousov I., Narvskaya O., Vyazovaya A. et al. Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype in Russia: in search of informative variable-number tandemrepeat loci // J. Clin. Microbiol. – 2008. – Vol. 46. – No. 11. – 3576-3584.
15. Sebban M., Mokrousov I., Rastogi N., Sola C. A data-mining approach to spacer oligonucleotide typing of Mycobacterium tuberculosis // Bioinformatics. – 2002. – Vol. 18. – No. 2 – P. 235-243.
16. Supply P., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized Mycobacterial Interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis // J. Clin. Microbiol. – 2006. – Vol. 44. – No. 12. – P. 4498-4510.
17. Velji P., Nikolayevskyy V., Brown T., Drobniewski F. Discriminatory ability of hypervariable variable number tandem repeat loci in population-based analysis of Mycobacterium tuberculosis strains // Emerg. Infect. Dis. – 2009. – Vol. 15. – No. 10. – P. 1609-1616.
Рецензия
Для цитирования:
Богун А.Г., Благодатских С.А., Мухина Т.Н., Майская Н.В., Шемякин И.Г. Филогенетический анализ клинических изолятов Mycobacterium tuberculosis с использованием 35 вариабельных тандемных повторов и шести однонуклеотидных полиморфизмов. Туберкулез и социально значимые заболевания. 2013;(2):5-11.
For citation:
Bogun A.G., Blagodatskikh S.A., Mukhina T.N., Maiskaya N.V., Shemyakin I.G. PHYLOGENETIC ANALYSIS OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS CLINICAL ISOLATES USING 35 VARIABILITY TANDEM REPEATS AND SIX SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISMS. Tuberculosis and socially significant diseases. 2013;(2):5-11. (In Russ.)
Просмотров:
20
Послать статью по эл. почте 