Эпидемиологический мониторинг больных коронавирусной инфекцией на основании современных молекулярно-биологических методов исследования в 2021-2022 гг. в мегаполисе

Изучены характеристики эпидемического процесса COVID-19 по результатам ПЦР-исследования методом ОТ-ПЦР и полногеномного секвенирования SARS-CoV-2 в г. Москве за год наблюдения с 30.07.2021 г. по 01.08.2022 г. Общий объем исследований составил 2 951 398. Для последующего исследования методом полногеномного секвенирования было отобрано 19 091 образцов. Отмечена эволюционная динамика генетических линий. В период с 07.2021 до середины 01.2022 в г. Москве преобладал штамм дельта (AY.122), но с 13.12.2021 были обнаружены первые образцы со штаммом омикрон (BA.1, BA.1.17.2). Немногим более чем за месяц эти штаммы почти полностью вытеснили штаммы генетических линий (ГЛ) «Дельта». «Новые» штаммы последовательно замещали более «ранние»: с 13.12.2021 по 10.01.2022 были выявлены 19 ГЛ штаммов омикрон BA.1.х. С 10.01.2022 в г. Москве появилась «датская» разновидность BA.2 («Стелс-Омикрон»), которая стала быстро вытеснять остальные ГЛ. По данным ДЦЛИ, шестая (с лета 2022 г.) волна распространения инфекции определяется в основном «южноафриканскими» штаммами SARS-CoV-2 – вари- антами ВА.4 и ВА.5, которые были впервые идентифицированы начиная с 19.06.2022 г. Проведен анализ распространенности и популяционного состава 1793 проб с SARS-CoV-2 за период с 19.06. по 21.07.2022 г. ГЛ BA.4.х, BA.5.х, ВЕ.х, ВF.х был инфицирован 1481 пациент (82,6%). Пул инфицированных пациентов, сформированный «ранними» генерациями, составил в целом 312 пациентов.

За год наблюдения установлено 13 случаев повторного инфицирования: 9 из них при первом заболевании были инфицированы штаммами дельта и при повторном – штаммами омикрон. Также подтверждено инфицирование двух пациентов, у которых в обоих случаях заболевание COVID-19 было обусловлено «новыми» штаммами омикрон.

1. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., Плоскирева А.А., Дубоделов Д.В., Тиванова Е.В., Пшеничная Н.Ю., Каленская А.В., Яцышина С.Б., Шипулина О.Ю., Родионова Е.Н., Петрова Н.С., Соловьева И.В., Квасова О.А., Вершинина М.А., Мамошина М.В., Клушкина В.В., Чурилова Н.С., Панасюк Я.В., Власенко Н.В., Остроушко А.А., Балмасов Е.С., Мосунов А.В. Гендерно-возрастная характеристика пациентов с COVID-19 на разных этапах эпидемии в Москве // Проблемы особо опасных инфекций. – 2020. – № 3. – С. 27-35. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-27-35.

2. Брико Н.И., Каграманян И.Н., Никифоров В.В., Суранова Т.Г., Чернявская О.П., Полежаева Н.А. Пандемия COVID-19. Меры борьбы с ее распространением в Российской Федерации // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2020. – Т. 19. – № 2. – С. 4-12. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2020-19-2-4-12.

3. Вечорко В.И., Аверков О.В., Зимин А.А. Новый штамм SARS-CoV-2 Омикрон – клиника, лечение, профилактика (обзор литературы) // Кардиоваскулярная терапия и профилактика. – 2022. – Т. 21. – № 6. – С. 3228. https://doi.org/10.15829/1728-8800-2022-3228.

4. Годков М.А., Шустов В.В., Кашолкина Е.А. Динамика и гендерно-возрастные особенности эпидемического процесса COVID-19 в городе Москве (итоги скринингового обследования за 1,5 года) // Лабораторная служба. –2021. – Т. 10. – № 4. – С. 30 -37. https://doi.org/10.17116/labs20211004130.

5. Данные Всемирной организации здравоохранения. [Электронный ресурс] URL: https://www.who.int/ru/activities/tracking-SARS-CoV-2variants. (Дата обращения 15 сентября 2022).

6. Araf Y., Akter F., Tang Y.D., Fatemi R., Parvez M.S.A., Zheng C., Hossain M.G. Omicron variant of SARS-CoV-2: Genomics, transmissibility, and responses to current COVID-19 vaccines // J. Med. Virol. – 2022. – Vol. 94. – N. 5. – P. 1825-1832. doi: 10.1002/jmv.27588. Epub 2022 Jan 23.

7. Chan J.F., Kok K.H., Zhu Z., Chu H., To K.K., Yuan S., Yuen K.Y. Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan // Emerg. Microbes Infect. – 2020. – Vol. 9. – N. 1. – P. 221-236. doi: 10.1080/22221751.2020.1719902. Erratum in: Emerg. Microbes Infect. – 2020. – Vol. 9. – N. 1. – P. 540.

8. Gao S.J., Guo H., Luo G. Omicron variant (B.1.1.529) of SARS-CoV-2, a global urgent public health alert! // J. Med. Virol. – 2022. – Vol. 94. – N. 4. – P. 1255-1256. doi: 10.1002/jmv.27491.

9. Haseltine W.A. Birth of the omicron family: BA.1, BA.2, BA.3. Each as different as alpha is from delta. [Электронный ресурс] URL: https://www.forbes.com/sites/williamhaseltine/2022/01/26/birth-of-the-omicron-family-ba1-ba2-ba3-each-as-different-as-alpha-is-fromdelta/?sh=4b65d70f3da9. (Дата обращения 26.01.2022).

10. Joshi G., Poduri R. Omicron, a new SARS-CoV-2 variant: assessing the impact on severity and vaccines efficacy // Hum. Vaccin. Immunother. – 2022. – Vol. 18. – N. 1. – P. 2034458. doi: 10.1080/21645515.2022.2034458. Epub 2022 Mar 3.

11. Netzl A., Tureli S., LeGresley E. et al. Analysis of SARS-CoV-2 omicron neutralization data up to 2021-12-22 // BioRxiv. – 2021. [Электронный ресурс] URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.12.31.474032 (Дата обращения 21.09.2022).

12. Roshchina Y., Roshchin S., Rozhkova K. Determinants of COVID-19 vaccine hesitancy and resistance in Russia // Vaccine. – 2022. – Vol. 40. – N. 39. – P. 5739-5747. doi: 10.1016/j.vaccine.2022.08.042. Epub 2022 Aug 26.

13. WHO Report (2021). Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529). [Электронный ресурс] URL: https://www.who.int/publications/m/item/enhancing-readiness-foromicron-(b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-member-states. (Дата обращения 21.01.2022).